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Traitement des données acoustiques stationnaires dans Kaleidoscope Pro

Faites défiler vers le bas pour obtenir des conseils détaillés sur l'attribution d'identifiants d'espèces automatisés aux enregistrements, le nettoyage des fichiers de bruit, l'attribution de métadonnées aux enregistrements et l'exportation de métadonnées dans le modèle de téléchargement en bloc NABat.

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Traitement des données acoustiques stationnaires dans Kaleidoscope Pro

  1. Ouvrez Kaleidoscope et cliquez sur "Parcourir" pour sélectionner le répertoire d'entrée du dossier contenant vos fichiers .wav/.zc. Cochez la case àcôté du type de fichiers d'entrée (WAV / ZC) . REMARQUE:Sélectionnez un dossier contenant toutes lesdonnées pour un déploiement de détecteur (toutes lesnuits sur un seul site). Il s'agit de la sélection la plus large pour laquelle tous les fichiers partageront les mêmes métadonnées (nom du site, latitude, longitude, etc.).

  2. Téléchargez les formulaires de métadonnées NABat requis ici (NABat_Metadata_Form_Kaleidoscope_‌Stationary.xml à utiliser avec les étapes 1 à 9 ci-dessous et NABat_Stationary_Meta_Output_Only_KPRO.xml à utiliser avec les étapes 12 à 18 ci-dessous). Ensuite, cliquez sur le menu déroulant au-dessus du "Formulaire de projet par défaut" et sélectionnez "Ajouter ou remplacer un formulaire de projet". Accédez à NABat_Metadata_Form_Kaleidoscope_‌Stationary.xml et sélectionnez le fichier. Le formulaire de métadonnées NABat va maintenant se charger en bas de la section INPUTS (la moitié gauche de la fenêtre Kaleidoscope).

  3. Remplissez tous les champs de métadonnées pour lesquels vous disposez de données. Les champs obligatoires incluent l'ID de cellule GRTS ou la latitude et la longitude, le nom de l'emplacement, l'heure de début de l'enquête, l'heure de fin de l'enquête, le type de logiciel et la liste des espèces. Certains champs nécessitent une mise en forme spécifique. Passez le pointeur sur un champ pour obtenir des conseils de formatage et/ou une liste d'entrées acceptées.

  4. Une fois que tous les champs de métadonnées requis (et tous les champs supplémentaires pour lesquels vous avez des données) ont été remplis, sélectionnez le répertoire de sortie souhaité pour enregistrer les fichiers traités en cliquant sur "Parcourir" en haut à droite de la fenêtre.

  5. Une fois le répertoire de sortie sélectionné, choisissez "Tous les soirs" dans le menu déroulant "Créer des sous-répertoires" pour garder les nouveaux fichiers organisés par nuit de détecteur. Ensuite, sélectionnez le type de fichiers de sortie que vous souhaitez créer, WAV ou ZC (les fichiers ZC ne peuvent pas être convertis en WAV). Afin d'exporter avec succès les métadonnées, vous devez sélectionner les fichiers WAV ou ZC dans la fenêtre SORTIES et créer des copies des fichiers originaux au cours de cette étape. Ces copies contiendront des métadonnées intégrées qui seront la source de la feuille de calcul de sortie « méta » que vous téléchargerez sur NABat.

    • Les utilisateurs avec des fichiers de passage par zéro qui se terminent par l'extension .# au lieu de .zc doivent sélectionner les options "Noms de fichiers 8.3" et "Utiliser .zc au lieu de .??#" sous "Fichiers ZC".Sinon, Kaleidoscope supprimera les secondes du nom de fichier, augmentant la probabilité de noms de fichiers en double (résultant de fichiers distincts enregistrés dans la même minute) qui créeront des erreurs lors du téléchargement des métadonnées dans la base de données NABat.

  6. Ensuite, cliquez sur l'onglet "Auto ID for Bats" en haut de la fenêtre. Sélectionnez « Bats of North America » dans le menu déroulant « Classifiers ». Sélectionnez « + 1 plus précis (conservateur) » dans le menu déroulant en haut à droite et sélectionnez votre état/région dans le menu déroulant sous la liste des espèces. Les espèces peuvent être ajoutées ou supprimées manuellement en fonction de la connaissance spécifique des assemblages d'espèces dans votre région, mais cela doit être reflété dans votre liste d'espèces NABat.

  7. Cliquez sur "Traiter les fichiers" dans le coin inférieur droit de la fenêtre.

  8. Lorsque Kaleidoscope a terminé le traitement, vérifiez les identifications automatisées et confirmez ou déclassez l'ID Kaleidoscope (ID manuel). Pour les relevés stationnaires, les directives du NABat demandent une vérification manuelle des appels par espèce et par nuit afin d'établir la présence-absence.

  9. Si votre modèle de détecteur intègre automatiquement un horodatage dans les fichiers d'appel, ces données doivent se remplir automatiquement et apparaître dans la colonne « Durée d'enregistrement audio » de la sortie « méta » de Kaleidoscope. Si tel est le cas, vous pouvez ignorer le processus de changement de nom. Cependant, avant de télécharger des métadonnées sur NABat, assurez-vous que la colonne "Audio Recording Time" contient des données. Sinon, les noms de fichiers doivent respecter le format de nommage de NABat et les utilisateurs doivent suivre les instructions de l'étape 10. Si la colonne « Durée d'enregistrement audio » se remplit automatiquement, vous pouvez passer à l'étape 11.

  10. Pour renommer les fichiers, ouvrez NABat File Renamer ou téléchargez le script R pour renommer les fichiers acoustiques . Si vous utilisez NABat File Renamer, accédez au dossier contenant les fichiers que vous venez de créer avec les métadonnées et les identifiants (ce sera un sous-dossier dans le dossier de sortie de l'étape 4). Renommez tous les fichiers pour vous assurer qu'ils sont cohérents avec le format de nommage NABat et pour supprimer le _000 ajouté par Kaleidoscope. Format de nommage NABat : GRTSID_SITENAME_YYYYMMDD_HHMMSS.wav/zc. Des conseils plus détaillés sur le renommage des fichiers acoustiques sont disponibles ici .

  11. Répétez les étapes 1 à 10 pour tous les déploiements que vous souhaitez traiter. Une fois terminées, les étapes 12 à 18 permettront aux utilisateurs d'exporter simultanément les métadonnées de tous les déploiements traités dans un seul fichier CSV de téléchargement groupé.

  12. Revenez à la fenêtre de traitement par lots, cliquez sur "Parcourir" dans la fenêtre "Répertoire d'entrée" et sélectionnez le dossier parent contenant tous vos déploiements traités (les nouveaux fichiers que vous avez créés avec les métadonnées et les identifiants aux étapes 1-9). Sélectionnez un nouveau répertoire de sortie. Si la case à côté de "fichiers WAV" ou "fichiers ZC" est toujours cochée, décochez la case (vous ne créerez pas de nouveaux fichiers cette fois, seulement un "méta" fichier contenant des métadonnées NABat).

  13. Cliquez sur l'onglet "Auto ID for Bats" et sélectionnez "DISABLED" dans le menu déroulant "CLASSIFIERS".

  14. Remplacez le fichier NABat_Metadata_Form_Kaleidoscope_SurveyType.xml de l'étape 2 par NABat_SurveyType_Meta_Output_Only_KPRO.xml. La fenêtre de saisie de données n'inclura plus les champs de métadonnées NABat, cependant, le formulaire exportera toujours les métadonnées intégrées des étapes 1 à 9.

  15. Cliquez sur "Traiter les fichiers" dans le coin inférieur droit de la fenêtre.

  16. Accédez au dossier du répertoire de sortie actuel et ouvrez le fichier "méta". Assurez-vous que tous les champs pour lesquels vous avez entré des données sont remplis et assurez-vous qu'une ou les deux colonnes Auto Id/Manual Id sont remplies.

  17. Renommez le fichier avec un nom descriptif et unique et enregistrez (le système NABat écrasera automatiquement les noms de fichiers en double avec la version la plus récente, il est donc essentiel que votre nom de fichier soit unique).

Traitement des données de transect mobile dans Kaleidoscope Pro

1. Ouvrez Kaleidoscope et cliquez sur "Parcourir" pour sélectionner le répertoire d'entrée du dossier contenant vos fichiers .wav/.zc. Cochez la case à côté du type de fichiers d'entrée (WAV/ZC).​ REMARQUE:Afin d'intégrer et d'exporter des métadonnées, les transects mobiles doivent être traités individuellement. Sélectionnez un dossier contenant des données pour un seul transect mobile. 

2. Téléchargez les formulaires de métadonnées NABat requisici (NABat_Metadata_Form_‌Kaleidoscope_Mobile.xml à utiliser avec les étapes 1 à 9 ci-dessous et NABat_Mobile_Meta_Output_Only‌_KPRO.xml à utiliser avec les étapes 12 à 18 ci-dessous). Ensuite, cliquez sur le menu déroulant au-dessus du "Formulaire de projet par défaut" et sélectionnez "Ajouter ou remplacer un formulaire de projet". Accédez à NABat_Metadata_Form_‌Kaleidoscope_Mobile.xml et sélectionnez le fichier. Le formulaire de métadonnées NABat va maintenant se charger en bas de la section INPUTS (la moitié gauche de la fenêtre Kaleidoscope).

3. Complétez tous les champs de métadonnées pour lesquels vous avez des données. Les champs obligatoires incluent le nom de l'emplacement, l'heure de début de l'enquête, l'heure de fin de l'enquête, le type de logiciel et la liste des espèces. Certains champs nécessitent un formatage spécifique. Placez le pointeur sur un champ pour obtenir des conseils de formatage et/ou une liste des entrées acceptées. Les informations spatiales pour l'itinéraire doivent être téléchargées ou dessinées avant de terminer ces étapes et de télécharger les métadonnées. Des conseils pour fournir des données spatiales pour l'itinéraire sont disponiblesici. Assurez-vous que le « Nom de l'emplacement » que vous fournissez avec les métadonnées d'appel correspond au nom de l'objet géographique que vous téléchargez ou créez.

• Si votre transect mobile traverse > 1 cellule et que vous disposez d'un enregistrement de l'emplacement X,Y où chaque appel a été enregistré (à l'aide d'un GPS externe ou d'un détecteur compatible GPS), laissez le champ GRTS Cell ID vide. Le système NABat utilisera les emplacements X, Y pour attribuer automatiquement la bonne cellule GRTS à chaque appel. Sinon, les appels enregistrés en dehors de la cellule principale produiront une erreur de non-concordance Latitude-Longitude/ID GRTS. Si Latitude et Longitude sont intégrées dans vos fichiers d'appels, le formulaire de métadonnées Kaleidoscope extraira ces valeurs et remplira automatiquement la sortie des métadonnées. Si les valeurs de latitude et de longitude ont été téléchargées à partir d'un appareil GPS, reportez-vous à l'étape 17.

• Si vous n'êtes pas en mesure de fournir l'emplacement X, Y où chaque fichier a été enregistré, le système NABat peut estimer l'emplacement en fonction des informations spatiales fournies par l'utilisateur pour l'itinéraire, les horodatages de chaque fichier et les heures de début/fin de l'enquête . Dans ce cas, il est essentiel que les utilisateursfournir un objet spatialpour l'itinéraire avant de télécharger les métadonnées, assurez-vous que les horodatages sont fournis pour chaque fichier, indiquez les heures de début et de fin de l'itinéraire et laissez la colonne ID de cellule GRTS du téléchargement des métadonnées vide. 

4. Une fois que tous les champs de métadonnées requis (et tous les champs supplémentaires pour lesquels vous avez des données) ont été remplis, sélectionnez le répertoire de sortie souhaité pour enregistrer les fichiers traités en cliquant sur "Parcourir" en haut à droite de la fenêtre.

5. Ensuite, choisissez "Tous les soirs" dans le menu déroulant "Créer des sous-répertoires" si vous souhaitez conserver les nouveaux fichiers organisés par nuit de détecteur. Sélectionnez le type de fichiers de sortie que vous souhaitez créer, WAV ou ZC (les fichiers ZC ne peuvent pas être convertis en WAV).Afin d'exporter avec succès les métadonnées, vous devez sélectionner les fichiers WAV ou ZC dans la fenêtre OUTPUTS et créer des copies des fichiers originaux au cours de cette étape.Ces copies contiendront des métadonnées intégrées qui seront la source de la feuille de calcul de sortie "méta" que vous téléchargerez sur NABat.

• Les utilisateurs dont les fichiers à passage par zéro se terminent par l'extension .# au lieu de .zc doivent sélectionner les options "Noms de fichiers 8.3" et "Utiliser .zc au lieu de .??#" sous "Fichiers ZC". Sinon, Kaleidoscope supprimera les secondes du nom de fichier, augmentant la probabilité de noms de fichiers en double (résultant de fichiers uniques enregistrés dans la même minute) qui créeront des erreurs lors du téléchargement des métadonnées dans la base de données NABat. ​

6. Cliquez sur l'onglet "Auto ID for Bats" en haut de la fenêtre. Sélectionnez "Chauves-souris d'Amérique du Nord" dans le menu déroulant "Classificateurs" et sélectionnez votre état/région dans le menu déroulant sous la liste des espèces. Les espèces peuvent être ajoutées ou supprimées manuellement en fonction des connaissances spécifiques des assemblages d'espèces dans votre région, mais cela doit être reflété dans votreListe des espèces NABat

7. Cliquez sur "Traiter les fichiers" dans le coin inférieur droit de la fenêtre.

8. Lorsque Kaleidoscope a terminé le traitement, passez en revue les identifications automatisées et confirmez ou rétrogradez l'ID Kaleidoscope (ID manuel). Pour les transects mobiles, le guidage NABat appelle à une vérification manuelle de tous les fichiers d'appels afin d'estimer l'abondance.

9. Si votre modèle de détecteur intègre automatiquement un horodatage dans les enregistrements, ces données doivent se remplir automatiquement et apparaître dans la colonne "Durée d'enregistrement audio" de la sortie "méta" du Kaléidoscope. Si tel est le cas, vous pouvez ignorer le processus de renommage du fichier. Cependant, avant de télécharger des métadonnées sur NABat, vous devez vous assurer que la colonne "Durée d'enregistrement audio" contient des données. Sinon, les noms de fichiers doivent respecter le format de dénomination NABat et les utilisateurs doivent suivre les instructions de l'étape 10. Si la colonne "Durée d'enregistrement audio" se remplit automatiquement, vous pouvez passer à l'étape 11.

10. Pour renommer des fichiers, ouvrez leNABat File Renamer ou téléchargez leScript R pour renommer les fichiers acoustiques. Si vous utilisez NABat File Renamer, accédez au dossier contenant les fichiers que vous venez de créer avec les métadonnées et les ID (ce sera un sous-dossier dans le dossier de sortie de l'étape 4). Renommez tous les fichiers pour vous assurer qu'ils sont cohérents avec le format de nommage NABat et pour supprimer le _000 ajouté par Kaleidoscope.

Format de dénomination NABat : GRTSID_SITENAME_YYYYMMDD_HHMMSS.wav/zc. Des conseils plus détaillés sur le changement de nom des fichiers acoustiques sont disponiblesici

11. Répétez les étapes 1 à 10 pour tous les transects que vous souhaitez traiter. Une fois terminées, les étapes 12 à 24 permettront aux utilisateurs d'exporter simultanément les métadonnées de tous les transects traités dans un seul CSV de téléchargement en masse.

12. Revenez à la fenêtre de traitement par lots, cliquez sur "Parcourir" dans la fenêtre "Répertoire d'entrée" et sélectionnez le dossier parent contenant tous les transects traités (les nouveaux fichiers créés avec les métadonnées et les ID d'espèces aux étapes 1 à 10). Sélectionnez un nouveau répertoire de sortie. Si la case à côté de "Fichiers WAV" ou "Fichiers ZC" est toujours cochée, décochez la case (vous ne créerez pas de nouveaux fichiers cette fois, seulement un fichier "meta.csv" contenant les métadonnées NABat).

13. Cliquez sur l'onglet « Auto ID for Bats » et sélectionnez « DISABLED » dans le menu déroulant « CLASSIFIERS ».

14. Remplacez le fichier NABat_Metadata_Form_Kaleidoscope_Mobile.xml de l'étape 2 par NABat_Mobile_Meta_Output_Only_KPRO.xml. La fenêtre de saisie des données n'inclura plus les champs de métadonnées NABat ; cependant, le formulaire exportera toujours les métadonnées intégrées des étapes 1 à 9.

15. Cliquez sur "Traiter les fichiers" dans le coin inférieur droit de la fenêtre.

16. Accédez au dossier du répertoire de sortie actuel et ouvrez le fichier "meta". Assurez-vous que tous les champs pour lesquels vous avez entré des données sont remplis et assurez-vous que les colonnes Auto Id/Manual Id sont remplies.

17. Les utilisateurs qui ont enregistré la latitude et la longitude des enregistrements avec un appareil GPS externe doivent ajouter manuellement les emplacements X, Y à la feuille de calcul de métadonnées en masse. Pour commencer, téléchargez le fichier de localisation depuis votre appareil GPS. Cela se présente généralement sous la forme d'un fichier texte avec des colonnes pour le nom de fichier, la latitude et la longitude. Les utilisateurs disposant de détecteurs compatibles GPS qui intègrent des emplacements X, Y dans des fichiers d'appels (les colonnes de latitude/longitude de votre CSV contiendront déjà des données) peuvent passer à l'étape 24.

18. Importez le fichier texte GPS dans Excel :

• Ouvrez une nouvelle feuille de calcul. Cliquez sur l'onglet "Données", puis sélectionnez "Obtenir des données",puis "De File", et enfin "Depuis texte/CSV".

• Accédez à votre fichier texte GPS et cliquez sur "Ouvrir".

• Une boîte de dialogue apparaîtra avec un aperçu des données à importer. Les fichiers texte GPS sont généralement délimités par des tabulations. Si vos données sont correctement triées en colonnes, cliquez sur "Charger". Sinon, utilisez le menu déroulant "Délimiteur" pour sélectionner le délimiteur approprié et cliquez sur "Charger".​

19. Lorsque vos données sont chargées dans une feuille de calcul Excel, cliquez sur le bouton "Trier et filtrer" (sous l'onglet Accueil) et sélectionnez "Tri personnalisé".​

20. Dans la boîte de dialogue, sélectionnez la colonne contenant vos noms de fichiers pour "Trier par".

21. Ensuite, ouvrez le CSV contenant les métadonnées de votre transect. Suivez les étapes 19 à 20 pour trier le document de métadonnées par la colonne Nom de l'enregistrement audio.

22. Les deux documents Excel (métadonnées CSV et feuille de calcul GPS) doivent maintenant être triés par nom de fichier. Vérifiez à nouveau pour vous assurer que les colonnes de nom de fichier correspondent.

23. Si les documents sont triés correctement, vous pouvez maintenant copier et coller les colonnes de latitude et de longitude du fichier GPS dans le fichier CSV de métadonnées. Sélectionnez les colonnes de latitude et de longitude du document GPS. Mettez en surbrillance les colonnes de latitude et de longitude, faites un clic droit et sélectionnez "Copier". Ensuite, sélectionnez la cellule Latitude du premier appel pour le déploiement, faites un clic droit et sélectionnez "Coller". Les colonnes Latitude et Longitude doivent maintenant être remplies avec les valeurs correspondantes.

24. Renommez le fichier de métadonnées avec un nom descriptif et unique et enregistrez (le système NABat écrasera automatiquement les noms de fichiers en double avec la version la plus récente, il est donc essentiel que votre nom de fichier soit unique). 

25. Le fichier de métadonnées est maintenant prêt à être téléchargé sur votre projet NABat. 

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