Traitement des données de transect mobiles dans SonoBat
Faites défiler vers le bas pour obtenir des conseils détaillés sur l'attribution d'identifiants d'espèces automatisés aux enregistrements, le nettoyage des fichiers de bruit, l'attribution de métadonnées aux enregistrements et l'exportation de métadonnées dans le modèle de téléchargement en bloc NABat.
Traitement des données de transect mobiles dans SonoBat
Fichiers d'attributs
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Ouvrez l'assistant de données SonoBat.
Cliquez sur l'icône du dossier dans le coin supérieur droit de la fenêtre et accédez au dossier contenant vos fichiers .wav/.zc.
REMARQUE : Afin d'intégrer et d'exporter des métadonnées, les transects mobiles doivent être traités individuellement. Sélectionnez un dossier contenant des données pour un seul transect mobile.
Pour ajouter/mettre à jour les métadonnées NABat, sélectionnez "NABat Attributer" dans le menu déroulant en haut à gauche de la fenêtre. Pour les utilisateurs d'anciennes versions de SonoBat qui ne disposent pas de l'attributeur NABat, sélectionnez « Fichiers d'attributs ». Vérifiez que le dossier d'entrée est toujours correct et revenez au dossier souhaité si nécessaire. Une fois le bon dossier d'entrée sélectionné, spécifiez un emplacement de répertoire de sortie pour enregistrer les fichiers finaux (il existe également une option pour "renommer et attribuer en place"). Notez que le panneau de droite de l'application se remplit d'un affichage des métadonnées GUANO existantes dans le fichier. Cela sera complété par des champs de métadonnées NABat. Les champs NABat obligatoires et les champs NABat facultatifs sont décrits ici . Les utilisateurs avec des versions de SonoBat qui n'incluent pas l'attributeur NABat peuvent passer à l'étape 9.​
Les utilisateurs avec des versions de SonoBat qui incluent l'attributeur automatique de métadonnées NABat, cliquez sur le bouton « Métadonnées NABat ». Dans la fenêtre contextuelle, cliquez sur la case pour confirmer que vous traitez les données de transect mobiles.
L'attributeur SonoBat NABat est quelque peu obsolète et plusieurs champs peuvent être ignorés tandis que d'autres doivent être saisis manuellement (décrits à l'étape 9). Cependant, cet outil est utile pour saisir les champs obligatoires.
Si votre transect mobile traverse > 1 cellule et que vous avez un enregistrement de l'emplacement X, Y où chaque appel a été enregistré (à l'aide d'un GPS externe ou d'un détecteur compatible GPS), laissez les champs Start/End GPS et NABat Grid Cell ID. Vide. Le système NABat utilisera les emplacements X, Y pour attribuer automatiquement la bonne cellule de grille à chaque appel. Sinon, les appels enregistrés en dehors de la cellule principale produiront une erreur de non-concordance de la cellule Lat/Long-Grid.
Si vous n'êtes pas en mesure de fournir l'emplacement X,Y où chaque fichier a été enregistré, le système NABat estimera l'emplacement en fonction des informations spatiales fournies par l'utilisateur pour l'itinéraire, les horodatages de chaque fichier et les heures de début/fin de l'enquête. Dans ce cas, il est essentiel que les utilisateurs fournissent un objet géographique pour l'itinéraire avant de télécharger les métadonnées, s'assurent que les horodatages sont fournis pour chaque fichier, fournissent les heures de début et de fin de l'itinéraire et laissent vide la colonne GRTS Cell ID du téléchargement des métadonnées. . Les instructions sur le téléchargement ou le dessin d'un objet spatial pour les itinéraires de transects mobiles sont disponibles ici .
Remplissez les champs Nom du site, Heure de début de la surveillance et Heure de fin de la surveillance, puis cliquez sur la flèche (en bas à droite) pour passer à la page suivante. Ces champs sont obligatoires et doivent être remplis avant de télécharger des données sur NABat.
Remplissez les champs pour l'arpenteur et le type d'habitat (non requis) et ignorez les champs restants. Cliquez sur la flèche pour passer à la page suivante.
Remplissez les champs Type de détecteur, Numéro de série du détecteur et Type de microphone (non requis) et ignorez les champs restants. Cliquez sur la flèche pour passer à la page suivante.
Cliquez sur "Terminer" en bas à droite.
Le type de logiciel et la liste des espèces sont des champs obligatoires qui doivent être saisis manuellement. Le numéro de série du microphone, l'emplacement du microphone et les covariables météorologiques ne sont pas requis, mais doivent également être saisis manuellement si vous souhaitez inclure ces données. Des conseils pour l'ajout manuel de champs de métadonnées sont répertoriés à l'étape 9.
Pour les utilisateurs d'anciennes versions de SonoBat qui n'incluent pas l'attributeur NABat, vous devez ajouter manuellement des champs de métadonnées pour lesquels vous disposez de données en suivant les instructions ci-dessous :
Pour ajouter manuellement un nouveau champ de métadonnées, cliquez sur l'un des triangles déroulants jaunes et sélectionnez « ajouter un nouveau… »
Dans le menu contextuel, saisissez l'un des noms de champ NABat exactement comme il apparaît ici (incluez également le NABat|).
Cliquez sur le menu déroulant dans le coin inférieur gauche de la fenêtre et sélectionnez "Créer un champ de métadonnées avancé" parmi les options disponibles.
Saisissez la valeur de ce champ et cliquez sur « Accepter ».
Répétez les étapes ci - dessus pour tous les champs de métadonnées Nabat pour lesquels vous avez des données.
Renommer les fichiers
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Les utilisateurs dont les versions logicielles incluent l'attribut automatique NABat peuvent passer à la section suivante (Scrub Noise Files). Les versions logicielles avec l'attributeur automatique NABat renommeront automatiquement les fichiers en fonction des métadonnées ajoutées par l'utilisateur.
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Si le modèle de détecteur que vous utilisez intègre automatiquement un horodatage dans les fichiers d'appel, "Timestamp" doit apparaître dans la liste des métadonnées de fichier dans la moitié droite de l'assistant de données SonoBat. Si tel est le cas, vous pouvez ignorer le processus de changement de nom de fichier. Cependant, avant de télécharger des métadonnées sur NABat, les utilisateurs doivent s'assurer que la colonne « Heure d'enregistrement audio » du fichier CSV de métadonnées exporté contient des valeurs. Sinon, les noms de fichiers doivent respecter le format de nommage NABat décrit ci-dessous.
GRTS ID_LOCATION NAME_RECORDING DATE_TIMESTAMP.wav/zc ​
Si vos fichiers ne contiennent pas d'horodatage intégré, sélectionnez l'option "Éditeur de nom de fichier" dans le menu déroulant en haut à gauche de la fenêtre de l'assistant de données SonoBat pour ajouter les composants Grid Cell GRTS ID et Site Name comme préfixe aux noms de fichiers. Cela supprime le texte avant l'horodatage de la date et ajoute un nouveau préfixe. Cependant, le système peut séparer le nouveau préfixe et l'horodatage par un tiret plutôt qu'un trait de soulignement. Tous les champs DOIVENT être séparés par un trait de soulignement. Cela peut être corrigé à l'aide de la fonction "renommer avec des caractères génériques", disponible dans le menu déroulant au-dessus de la zone de préfixe.​
Utilisez l'option « renommer avec des caractères génériques » pour exécuter une fonction « rechercher et remplacer » pour remplacer tous les caractères en conflit avec le format de nom de fichier NABat. Saisissez le texte que vous souhaitez remplacer dans le champ "Motif de recherche" et le texte par lequel vous souhaitez le remplacer dans le champ "Remplacer le motif de recherche par". Un aperçu des noms de fichiers résultants est fourni afin que vous puissiez modifier la formule avant d'apporter les dernières modifications. Cliquez sur "Modifier les noms de fichiers" lorsque vous êtes prêt à mettre à jour les noms de fichiers. Vous devrez peut-être renommer plusieurs fichiers pour obtenir le format souhaité.
Frotter les fichiers de bruit
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Cliquez sur l'icône du dossier dans le coin supérieur droit de la fenêtre Assistant de données et accédez au dossier contenant vos fichiers .wav.
Cliquez sur le menu déroulant en haut à gauche et sélectionnez "Batch File Scrubber".
Sélectionnez « moyen » dans les options de filtre et assurez-vous que le filtre de fréquence approprié est sélectionné.
Cliquez sur « Scrub » en bas à gauche de la fenêtre.
Attribuer des ID d'espèce
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Ouvrez SonoBat Universal et cliquez sur le bouton "SonoBatch" dans le coin inférieur gauche.
Cliquez sur l'icône du dossier en haut au centre de la fenêtre et accédez au dossier contenant les fichiers que vous souhaitez traiter.
Sélectionnez le classificateur le plus approprié pour votre emplacement en utilisant les menus déroulants sur le côté gauche de la fenêtre.
Assurez-vous que "Ajouter les codes d'espèce aux noms de fichiers ?" n'est pas sélectionné.
Sélectionnez "filtre automatique" dans les zones sans espèces de chauves-souris à basse fréquence et "auto-bas" dans les zones où des chauves-souris à basse fréquence sont présentes.
Définissez la "qualité d'appel acceptable" sur 0,80.
Définissez le "seuil de décision sqnc" sur 0,90.
Définissez le "nombre maximum d'appels à prendre en compte" sur 16.
Cliquez sur "Traiter" en bas au centre de la fenêtre.
Exporter les métadonnées dans le modèle de téléchargement en masse NABat
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Les étapes suivantes peuvent être utilisées pour exporter les métadonnées de tous les transects traités simultanément, résultant en un seul fichier CSV avec les métadonnées de nombreux itinéraires. Sélectionnez simplement le dossier parent qui contient tous vos transects traités et suivez les étapes décrites ci-dessous. La présence de fichiers non .wav dans le dossier n'interférera pas avec ce processus. SonoBat ignorera les fichiers non .wav.
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Ouvrez SonoBat universal et cliquez sur le bouton "SonoVet" dans le coin inférieur gauche.
Cliquez sur le bouton "Ajouter au projet" dans la fenêtre Project Vetter et accédez au dossier contenant les fichiers .wav qui ont été traités, renommés et qui contiennent toutes les métadonnées requises.
NABat demande aux utilisateurs de fournir des métadonnées pour les fichiers NOISE nettoyés. Cependant, SonoBat ignore automatiquement tout dossier intitulé « Fichiers parasites », « Fichiers supprimés » ou « Fichiers nettoyés ». Pour vous assurer que les fichiers nettoyés se chargent dans la table SonoVet, renommez les dossiers contenant les fichiers nettoyés en « NOTBAT » avant de charger les dossiers dans SonoVet.
Cliquez sur l'onglet "Paramètres" dans la barre de menu supérieure et cliquez sur le bouton "Charger la mise en page" pour charger le formulaire de métadonnées NABat. Assurez-vous de sélectionner le formulaire SonoBat approprié pour la version du logiciel et le type d'enquête. Les formulaires de projet sont disponibles en téléchargement ici .
Cliquez sur l'onglet « Table de vérification » dans la barre de menu supérieure. Assurez-vous que tous les champs obligatoires ont des valeurs et que tous les champs pour lesquels vous avez entré des données sont remplis.​
Si tout est correct, cliquez sur l'onglet "Exporter" dans la barre de menu supérieure. Sélectionnez un dossier de destination pour enregistrer le fichier de métadonnées et sélectionnez "Sortir null en tant que """ ou "Sortir null en tant que cellule vide" dans le menu déroulant en bas au centre de la fenêtre.
Cliquez sur "Enregistrer dans un fichier".
Le fichier .txt résultant doit être converti en un fichier .csv. Pour convertir le fichier dans Excel, ouvrez un nouveau classeur, cliquez sur l'onglet Données, puis sur « Obtenir des données », « À partir d'un fichier » et enfin « À partir de texte/CSV ». Remarque :selon votre version d'Excel, le processus peut varier légèrement.
Dans la fenêtre contextuelle, accédez au fichier texte SonoBat et cliquez sur "Importer". Sélectionnez "Tab" comme "Délimiteur" et cliquez sur "Charger" en bas à droite de la fenêtre. Vos données vont maintenant s'ouvrir dans une feuille de calcul Excel.
Les utilisateurs qui ont enregistré la latitude et la longitude des enregistrements avec une unité GPS externe doivent ajouter manuellement les emplacements X, Y à la feuille de calcul de métadonnées en masse. Pour commencer, téléchargez le fichier de localisation depuis votre appareil GPS. Il s'agit généralement d'un fichier texte avec des colonnes pour le nom de fichier, la latitude et la longitude. Les utilisateurs avec des détecteurs compatibles GPS qui intègrent des emplacements X, Y dans des fichiers d'appel (les colonnes latitude/longitude de votre CSV contiendront déjà des données) peuvent passer à l'étape 16.
Importez le fichier texte GPS dans Excel :
Ouvrez une nouvelle feuille de calcul. Cliquez sur l'onglet "Données" et sélectionnez "Obtenir des données", "À partir d'un fichier", "À partir de texte/CSV".
Accédez à votre fichier texte GPS et cliquez sur "Ouvrir".
Une boîte de dialogue apparaîtra avec un aperçu des données à importer. Les fichiers texte GPS sont généralement délimités par des tabulations. Si vos données sont correctement triées en colonnes, cliquez sur "Charger". Sinon, utilisez le menu déroulant "Délimiteur" pour sélectionner le délimiteur approprié et cliquez sur "Charger".
Lorsque vos données sont chargées dans une feuille de calcul Excel, cliquez sur le bouton "Trier et filtrer" (sous l'onglet Accueil) et sélectionnez "Tri personnalisé".
Dans la boîte de dialogue, sélectionnez la colonne contenant vos noms de fichiers à "Trier par".
Ensuite, ouvrez le fichier CSV contenant vos métadonnées de transect. Suivez les étapes 11 à 12 pour trier le document de métadonnées par la colonne Nom de l'enregistrement audio.
Les deux documents Excel (métadonnées CSV et feuille de calcul GPS) doivent maintenant être triés par nom de fichier. Vérifiez que les colonnes de nom de fichier correspondent.
Si les documents sont triés correctement, vous pouvez maintenant copier et coller les colonnes de latitude et de longitude du fichier GPS dans le fichier CSV de métadonnées. Sélectionnez les colonnes de latitude et de longitude du document GPS. Mettez en surbrillance les colonnes de latitude et de longitude, faites un clic droit et sélectionnez "Copier". Ensuite, sélectionnez la cellule Latitude du premier appel pour le déploiement, faites un clic droit et sélectionnez "Coller". Les colonnes Latitude et Longitude doivent maintenant être remplies avec les valeurs correspondantes.
Pour que le système NABat puisse lire vos métadonnées, les en-têtes de colonne créés par SonoBat doivent être remplacés par les noms de champs de métadonnées du modèle NABat. Faire cela:
Sélectionnez et copiez tous les en-têtes de colonnes séparés par des virgules dans le tableau ci-dessous.
Sélectionnez la cellule A1 de votre feuille de calcul et collez les nouveaux en-têtes de colonne.
Cliquez sur l'onglet "Données" dans Excel.
Sélectionnez le bouton "Texte dans les colonnes".
Dans la boîte de dialogue, sélectionnez "Délimité" comme type de fichier et cliquez sur "Suivant".
Sélectionnez « virgule » comme « délimiteurs » et cliquez sur « Terminer ».
Les en-têtes devraient maintenant être répartis dans les colonnes appropriées.
La version spécifique du logiciel doit maintenant être ajoutée manuellement. Mettez en surbrillance la colonne "Type de logiciel" et, à l'aide de la fonction rechercher/remplacer, remplacez "SonoBat" par "SonoBat 3.x", "SonoBat 4.2" ou "SonoBat 4.x", selon la version de votre logiciel.
Cliquez sur Fichier, puis sur Enregistrer sous, et sélectionnez le dossier dans lequel vous souhaitez enregistrer la feuille de calcul des métadonnées. Donnez au fichier un nom unique et descriptif, puis sélectionnez "CSV (délimité par des virgules)" dans la liste déroulante "Enregistrer sous le type".
Vos métadonnées sont maintenant prêtes à être téléchargées sur le portail des partenaires NABat.
Tableau 1. En-têtes de colonne des métadonnées NABat pour les levés acoustiques stationnaires.
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| ID de cellule GRTS, nom de l'emplacement, heure de début de l'enquête, heure de fin de l'enquête, détecteur, numéro de série du détecteur, microphone, numéro de série du microphone, emplacement du microphone, contact, commentaires, occurrences inhabituelles, événement basse température, événement température élevée, événement faible humidité relative, Evénement Humidité relative élevée, Evénement Evénement météorologique faible, Evénement Evénement météorologique élevé, Evénement Vitesse du vent faible, Evénement Vitesse du vent élevée, Evénement Couverture nuageuse faible, Evénement Couverture nuageuse élevée, Nom de l'enregistrement audio, Durée de l'enregistrement audio, Latitude, Longitude, Type de logiciel, Identification automatique, identification manuelle, liste des espèces